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Sitio de Querétaro (6 de marzo al 15 de mayo de 1867)
Las fuerzas republicanas se agruparon en 4 grandes cuerpos de ejército: el CE del Norte, encabezado por Mariano Escobedo; el CE del Centro, de Vicente Riva Palacio; el CE de Occidente, que mandaba Ramón Corona; y el CE de Oriente, a las órdenes de Porfirio Díaz, formando grupos de combate bien organizados y dirigidos, listos para derrotar a los ejércitos imperialistas aún en pie.
México, Puebla y Querétaro eran las últimas plazas en poder de los imperialistas y esta última, la capital del imperio desde la llegada de Maximiliano. Se eligió porque desde sus flancos norte y oeste, que eran los puntos más probables para recibir el ataque de las fuerzas republicanas, Querétaro podía ser puesta en estado de defensa. El 19 de febrero de 1867, Maximiliano de Habsburgo se instalaba por primera vez en Querétaro, la “nueva capital del Imperio”, y de hecho el lugar que sería el “punto de concentración” de las fuerzas imperiales compuestas por alrededor de 9.000 hombres, divididas entre los generales Leonardo Márquez, Santiago Vidaurri, Quiroga y el príncipe de Salm-Salm (un aventurero prusiano que había luchado en la Guerra Civil Americana del lado de la Confederación), que acompañaban al emperador, y los generales Miguel Miramón y Tomás Mejía que esperaban en Santiago de Querétaro.
El 21 de febrero los alcanzó el general Ramón Méndez, al mando de la división de Michoacán, acción que permitió que las fuerzas republicanas al mando del general Ramón Corona tomaran Morelia el día 20.
A pesar de haber elaborado Miramón un atrevido plan de campaña que contemplaba movimientos ofensivos, y que fue aprobado en junta de guerra el 26 de febrero, el ejército imperial fue inmovilizado en la ciudad, a instancias del lugarteniente del Imperio, general Leonardo Márquez, sin impedir, como le era imperativo hacerlo, la concentración de los republicanos alrededor de Querétaro. Es así que hasta el 6 de marzo logró el ejército republicano cerrar por completo el cerco sin ser molestado.

Inicio del asedio (6 de marzo de 1867)
Maximiliano reunió a poco más de 9.000 soldados y a sus mejores generales en la ciudad de Querétaro, donde quedó sitiado el 6 de marzo de 1867 por el ejército republicano. Maximiliano colocó al general Leonardo Márquez al mando del Estado Mayor; a los generales Miguel Miramón y Tomás Mejía al frente de la infantería y de la caballería, respectivamente; a Manuel Ramírez Arellano como comandante general de artillería y a Ramón Méndez como jefe del ejército de reserva. Por su parte, el general francés Gustave Léon Niox aseguró que las tropas imperialistas en combate eran alrededor de 5.000.
El general Escobedo inició el sitio al frente de 25.000 hombres; el CE del Norte pasó al mando del general Jerónimo Treviño, compuesto por la infantería y caballería al mando de los generales Sóstenes Rocha, Francisco Arce y Francisco Aguirre; el CE de Occidente continuó bajo las órdenes de Corona, acompañado por las divisiones de los generales Manuel Márquez, Félix Vega y Nicolás Régules; los acompañaban además Vicente Riva Palacio, Francisco A. Vélez, Juan N. Méndez, Ignacio Alatorre y Aureliano Rivera.
Los efectivos de los sitiadores llegaron a ser casi 40.000 soldados de las tres armas, organizados en el CE del Norte y el CE de Occidente. Los republicanos intentaron, sin éxito, tomar la plaza en varias ocasiones; los primeros combates se registraron el 12 de marzo, pero el más encarnizado ocurrió los días 14 de marzo, cuando se trabó combate simultáneo contra el cerro de San Gregorio, al norte, y contra el convento de la Cruz, sede del cuartel general imperial, quedando el cerro de San Gregorio en poder de los republicanos, siendo rechazadas en el convento de la Cruz, sufriendo considerables pérdidas.

El 22 de marzo, el general Leonardo Márquez, acompañado de Santiago Vidaurri y 1.000 dragones de Julián Quiroga, salió sin oposición hacia la Ciudad de México con la misión de regresar con refuerzos y levantar el sitio; sin embargo, se desvió al enterarse de que el general Porfirio Díaz amenazaba Puebla; el general Severo del Castillo quedó al mando del Estado Mayor en Querétaro. Pocas horas después de la marcha de Márquez para la capital, una fuerte columna de las tres armas, a las órdenes de Miramón, efectuó una salida a la hacienda de San Juanico, con el fin de apoderarse de unos carros de víveres que acababan de llegar para los republicanos. El movimiento fue ejecutado con mucha destreza, de tal manera que, no obstante la viva resistencia que opusieron los defensores del punto, los imperialistas lograron su objetivo, conduciendo a la plaza las provisiones que tanto necesitaban.
El 23 de marzo, llegaron al campo republicano los generales Vicente Riva Palacio, Juan N. Méndez, Joaquín Martínez, Bernabé L. de la Barra y los coroneles Ignacio M. Altamirano y Eulalio Núñez con cerca de 4.000 hombres de las tres armas. Escobedo resolvió entonces que se concluyese la circunvalación por el lado del Cimatario, para estrechar el sitio y ocupar la Casa Blanca. Esta operación, que debía verificarse el día siguiente, fue encomendada al general Corona.
El 24 de marzo a las 08:15, el general Ramón Corona, de acuerdo con el plan previsto, emprendió un asalto contra el baluarte imperialista de la hacienda de Casa Blanca; dividió su fuerza en dos columnas, la de la derecha al mando del general Francisco Vélez y la de la izquierda al mando del general Benigno Canto. A las 11:00, se presentó el general Juan N. Méndez y formó inmediatamente otra columna. Al llegar Riva Palacio al frente de la Casa Blanca, el enemigo abrió fuego de artillería y fusilería, destacando al mismo tiempo columnas de caballería que detuviesen la marcha de los asaltantes; pero esta maniobra quedó desbaratada por la oportuna evolución de los escuadrones republicanos mandados por los generales La Barra y Chavarría, y secundados por un batallón del distrito de México, a las órdenes de Florentino Mercado y León Ugalde. En estos momentos, y para llamar la atención del enemigo, dispuso Corona que con el resto de la primera columna marchara el general Neri del lado de la Cruz.
Organizada la batalla sobre el Cimatario, se dio la señal de ataque a las 12:00, y la columna del centro, guiada por el general Joaquín Martínez, los coroneles Peña y Ramírez y Mercado, cruzó a paso de carga el espacio de unos 500 metros hasta llegar a las trincheras de la Casa Blanca. Al observar esto, Mejía, sin dar tiempo a que las columnas laterales protegiesen la de Martínez, le dio una carga de caballería por el flanco izquierdo, operación que produjo el resultado de tomar prisioneros a más de 200 soldados republicanos, quedando muertos en el campo los coroneles Manuel Peña y Ramírez y Florentino Mercado. Malogrado el ataque, en que los sitiadores obtuvieron, sin embargo, la ventaja de completar su línea de circunvalación, el general Corona mandó tocar retirada, la cual se verificó en buen orden a las 16:00. Dos horas después se retiraron las tropas que al mando de Neri atacaban el fuerte de la Cruz.

Las operaciones del sitio continuaron sin ningún suceso notable hasta el 1 de abril, en que Miramón, al frente de una columna de 4.000 hombres, sorprendió las tropas del general Antillón que guarnecían la parroquia de San Sebastián, y traspasó enseguida la línea avanzada de los republicanos; la oportuna presencia del general Escobedo logró hacer retroceder al enemigo, que pudo haber puesto a los sitiadores en grave conflicto. Un ataque sobre la línea del general Rocha se realizó el día 5, sin que tuviese esta vez ninguna consecuencia seria, pues el jefe republicano defendió sus posiciones causando graves pérdidas a los imperialistas.
Durante los primeros días de abril, Porfirio Díaz ocupó Puebla y derrotó a Márquez, quien regresó a la Ciudad de México. El 10 de abril, después de un tiroteo, Maximiliano dio una fiesta para celebrar el aniversario de su aceptación del trono.
El 12 de abril, se efectuó un ataque imperialista para intentar romper el sitio para facilitar la salida de correos dirigidos a Márquez. Dicha operación fue confiada al príncipe de Salm-Salm, quien a la hora convenida avanzó con su acostumbrado valor al punto que se había designado. El combate esta vez resultó desastroso para los imperialistas; los generales republicanos Poucel por el centro y Jiménez por la izquierda resistieron vigorosamente, haciendo retroceder a los imperialistas, que volvieron a la ciudad conduciendo heridos al mayor Pitner, a los tenientes La Roche, conde Pototski y otros muchos oficiales y soldados, sin que se hubiese logrado el objetivo de la misión. El 12 de abril, Porfirio Díaz rodeó la Ciudad de México con 15.000 soldados, resguardada por Márquez, quien se fortificó sin enviar auxilio a Querétaro.
Las municiones de los defensores iban disminuyendo de una manera alarmante, y no viendo esperanza alguna de salvación, se celebró el 16 de abril en la casa de Mejía una junta de guerra. La discusión fue larga, acabando por adoptar la resolución de defender la plaza hasta el completo agotamiento de toda clase de recursos, y de que saliesen el príncipe de Salm-Salm, Morett y Campos a la cabeza de una parte de la caballería, para comunicar el verdadero estado de las cosas solo a Márquez y a Vidaurri. Este exigiría de Márquez una contestación terminante en el plazo de 24 horas, y en caso de no obtenerla, saldría el príncipe con toda la caballería.
El 17 de abril, incomunicado Maximiliano con sus aliados, sin noticias de Márquez y sufriendo una grave escasez de víveres y municiones, se realizó otro intento por romper el sitio, mismo que fracasó por la disposición de las tropas republicanas. Se impusieron préstamos forzosos a los habitantes de la ciudad para pagar a las tropas imperiales.

Batalla del Cimatario (27 de abril de 1867)
El 27 de abril, a solo 7 días de que las tropas republicanas hubieran completado la circunvalación total de la plaza de Querétaro, ocupada por las fuerzas imperiales, el emperador Maximiliano y sus generales planean la ruptura del cerco para intentar una salida de Maximiliano y su escolta a la capital del imperio.
A las 4 de la mañana del citado día, 2.000 infantes y cerca de 1.000 jinetes imperiales se prepararon para atacar; su salida sería cubierta por las baterías colocadas en la Alameda y el convento de La Cruz. Allí mismo, los húsares imperiales estaban listos para proteger la salida del emperador en cuanto la ocasión se presentase; para tal caso, la infantería tenía como misión quedarse en Querétaro, junto a los cañones. El ataque empezó con una apertura de fuego machacadora de artillería del puesto de la Alameda sobre el sector sur del cerco republicano ubicado sobre las estribaciones del cerro de Cimatario, donde estaban las tropas michoacanas del general Nicolás Régules y tropas del general Benigno Canto. El general en jefe del sector era Ramón Corona, pero se hallaba ausente. El ataque masivo sorprendió a los sitiadores que fueron rebasados, perdiendo las tres líneas de trincheras frente al avance imperial.
El general Severo del Castillo salió con su caballería con rumbo a la garita de México y la hacienda de Calleja, con la intención de distraer más aún a las tropas republicanas. Tras dos horas de combate, las tropas republicanas habían abandonado parte del sector que defendían; las tropas imperiales marcharon a paso veloz capturando una veintena de cañones con sus carromatos de municiones, abandonados por sus oficiales. Los imperiales realizaron un giro sobre su izquierda, apoyado eficazmente por su caballería, que arroyó a las tropas republicanas que estaban apostadas en ese sector, obligando al general republicano Riva Palacio a replegarse sobre las alturas del Cimatario sin oponer la menor resistencia. Para esa hora, los imperiales reportaban la dispersión de 17 batallones juaristas y la captura del cuartel general de Corona.
Lamentablemente, el ojo estratégico de Miramón falló. Mientras Maximiliano se alistaba con su caballería para salir, este lo persuadió de permitirle dejar atrás e inerme a su infantería y consiguió del monarca la autorización de ordenar la concentración en Querétaro, para así salvar el botín conquistado. Maximiliano accedió a su petición y comenzó la concentración de la infantería. Esta acción mermó la fuerza de empuje del asalto inicial. El general Escobedo, temeroso de que se produjera la ruptura del cerco, lanzó a sus cazadores de Galeana, que con sus rifles de repetición norteamericanos marca Spencer abrieron fuego mortal contra el regimiento de jinetes de la emperatriz. Las tropas imperiales dieron media vuelta y arrastraron en la desbandada a Maximiliano, que ya se encontraba cerca de la zona de combate; se pudo salvar gracias a la intervención oportuna de sus húsares.
Las fuerzas imperiales se recompusieron y volvieron a cargar contra las republicanas, que se vieron frenadas y su ataque desbaratado por los disparos de artillería de la Alameda dirigidos por el general Manuel Ramírez de Arrellano, sobre la cima del Cimatario. Hasta ese punto llegó el joven general Sostenes Rocha con refuerzos; allí fue informado de que el parque estaba escaso de munición y el ataque peligraba. Por orden de Escobedo se decidió detener el avance y movilizar a las tropas para restablecer el cerco a su punto original. En la llamada batalla del Cimatario, Miguel Miramón una vez más demostró sus grandes atributos y dotes militares y su arrojo, atacando sorpresivamente con 2.000 hombres una posición defendida por alrededor de 10.000 efectivos del CE de Occidente y logrando abrir el cerco sobre la línea sur por varias horas.
Los republicanos trabajaron activamente en restaurar su línea, y el 30 pudieron ya continuar las operaciones sobre la plaza.
Rendición de Querétaro
El 1 de mayo a las 10:00 de la mañana, tras un vivo cañoneo a la hacienda de Callejas, una columna imperialista, al mando del coronel Rodríguez, salió de San Francisquito en dirección de dicha hacienda. Siguió un reñido combate en que murió el coronel Carrillo, que defendía el punto, lo cual hizo que lo abandonaran los republicanos, siendo luego ocupado por los imperialistas. El general Jiménez logró contener a los fugitivos, y poco después se presentó el general en jefe con su Estado Mayor, a tiempo que llegaban una compañía de los Supremos Poderes y el primer batallón de Nuevo León al mando del coronel Palacios. Entretanto, el general Riva Palacio abrió fuego de artillería sobre el convento de la Cruz, disponiendo a la vez que desde la derecha y del centro de su línea salieran fuerzas de tiradores para distraer la atención del enemigo, y que se situasen unas piezas con objeto de batir la iglesia de San Francisquito, desde la cual apoyaba Ramírez Arellano el movimiento de Rodríguez. En tales circunstancias se presentó el general Ignacio Zepeda con una brigada de Jalisco, se arrojó valientemente sobre los imperialistas que avanzaban a la garita de México y, muerto su jefe Rodríguez por una bala que le atravesó el corazón, retrocedieron en desorden a la plaza, perseguido de cerca por los republicanos.
En la mañana del 3 de mayo, Miramón emprendió un nuevo ataque sobre la línea de San Gregorio, logrando apoderarse de las primeras posiciones; pero los republicanos se rehicieron pronto con el auxilio oportuno de los generales Alatorre, Naranjo, el coronel Corella y el mismo general Escobedo. La columna imperialista sufrió graves pérdidas; el Tcol Ceballos cayó mortalmente herido, y quedaron tendidos en el campo el Tcol Sosa y el comandante Franco. Al ver Miramón la imposibilidad de continuar la lucha, retrocedió a la plaza con su fuerza destrozada. Para neutralizar un poco el mal efecto de la derrota se hicieron publicar cartas falsas de Márquez y Vidaurri, en que anunciaban su próxima llegada a Querétaro, fundando en esto la supuesta orden de retirada de las tropas que a las órdenes de Miramón habían emprendido el ataque.
El 5 de mayo, los republicanos festejaron el aniversario de la derrota de los franceses en Puebla, cinco años antes, mientras continuaba el avance sobre los sitiados.
Comprendiendo la imposibilidad de prolongar la situación, se celebró el 11 de mayo una junta de guerra en que se aceptó la idea de romper el sitio. Mejía ofreció hacer un llamamiento al pueblo de Querétaro, sobre el cual ejercía una gran influencia; pero de los pocos que acudieron a su llamamiento el día 12, solo se pudieron armar 200 hombres. El emperador había encargado a los generales Miramón, Mejía, Castillo y Ramírez Arellano que extendiesen un informe acerca del estado en que se encontraba la plaza, emitiendo su parecer sobre lo que debiera hacerse, y el 14 presentaron los generales la propuesta, que era atacar al enemigo hasta derrotarlo completamente, venciéndolo en todos los puntos de su línea; si las tropas imperiales fueran rechazadas en este ataque, evacuar inmediatamente la plaza y rompiendo después el sitio a todo trance, único medio de salvar de la barbarie del enemigo el mayor número de soldados del ejército imperial.
Se dictaron las disposiciones conducentes a efectuar el ataque en la noche del día 14 al 15 de mayo; pero se difirió para la madrugada del 15, a petición del general Ramón Méndez, que deseaba dirigir la palabra a los soldados de su antigua brigada.
A las 02:00 del 15 de mayo, el coronel Miguel López traicionó a los imperialistas entregando el convento de la Cruz y con ello a Maximiliano y sus generales Miramón y Mejía. Fuentes oficiales de ese momento declararon que fue comprada su lealtad por dinero.
El 14 de mayo, Maximiliano decidió hacer una salida rompiendo el sitio, para intentar reunirse con el resto de su ejército en la Ciudad de México. La salida se efectuaría por la noche del 14 al 15 de mayo, pero a sugerencia del general Ramón Méndez fue aplazada durante 24 horas, y en esa noche fue traicionado por el coronel Miguel López, del regimiento de la Emperatriz, quien, pasándose al bando enemigo, dejó a las fuerzas republicanas apoderarse de la línea defensiva de la plaza, el convento de la Cruz; permitiendo así la caída de la ciudad y la captura de los principales personajes del Imperio.
Al amanecer el día 15, las fuerzas republicanas que guarnecían las alturas del Cimatario descendieron de la colina y asaltaron la Casa Blanca, todavía defendida tenazmente por los imperialistas. De igual suerte las que guarnecían los puntos frente a la Alameda, Calleja, Garita de México, Pathé y la extensa línea de San Gregorio y San Sebastián. Enseguida dispuso que en los puntos tomados permaneciera el ejército sin que entrara en la plaza ningún cuerpo, porque así lo tenía ordenado, con excepción de la columna mandada por el general Vélez, que había avanzado hasta ocupar el convento de San Francisco, y la brigada que mandaba el coronel Julio M. Cervantes, que había recibido orden para que ocupara la plaza y se dedicara exclusivamente a dar garantías a las familias e intereses, evitando con todo afán hasta el más ligero desorden, para lo cual se le autorizaba, en caso necesario, a que empleara las medidas represivas que creyera convenientes.

A las 06:00 de la mañana quedó ocupada la línea exterior de las defensas de Querétaro, que momentos antes estaban guarnecidas por los imperialistas.
Maximiliano, al saber de la traición, empuñó sus pistolas y, acompañado de unos cuantos allegados, se dirigió al cerro de las Campanas, diciendo: «Salir de aquí o morir es el único camino». Pero todo era inútil; la ciudad estaba completamente en manos republicanas. Maximiliano se dirigió hacia el cerro de las Campanas, en el otro extremo de la ciudad. Los oficiales y soldados imperialistas que aún no habían sido capturados se dirigieron también hacia ese punto para rendirse.
El general Miramón no estaba dispuesto a rendirse tan fácilmente; reuniendo a una parte del regimiento de la Emperatriz, con la que se topó en la calle de las Capuchinas, la vía más ancha, hizo frente a los atacantes. Un disparo le alcanzó en el rostro, justo debajo del ojo izquierdo, dejándolo momentáneamente sin vista. Antes de que pudiera recuperar el sentido, todos sus soldados se habían rendido, y él mismo estaba prisionero en una casa vecina.
Mientras tanto, Maximiliano había llegado al cerro de la Campana, donde se le unieron los generales Mejía, Castillo y Avellano, así como el príncipe de Salm-Salm y otros oficiales; pero pronto se dio cuenta de que toda resistencia era imposible. Cuatro batallones de infantería y toda la caballería enemiga rodeaban el cerro. El emperador entonces izó una bandera blanca, hecha con retazos de tela, y se rindió, junto con todo su Estado Mayor, entregando su espada al general Escobedo. A los prisioneros se les permitió conservar sus caballos y, pocas horas después, fueron llevados al convento de la Cruz. El emperador le comunicó que tenía tres favores que pedir: no deseaba ser insultado, sino tratado como prisionero de guerra; quería ser fusilado el primero, si alguien tenía que serlo; finalmente, en caso de ser ejecutado, suplicaba a sus enemigos que no mutilaran su cuerpo.

Preocupándose los acontecimientos del sitio de México, aunque el éxito no fuera de ninguna manera dudoso, desde el día siguiente de la ocupación de Querétaro, Escobedo empezó a desprender fuerzas con dirección a la capital de la República para reforzar al general Porfirio Díaz, jefe del ejército sitiador, de tal suerte que para el día 19 de mayo habían marchado ya 14.000 soldados de las tres armas a las órdenes de los generales Ramón Corona, Nicolás Régules, Vicente Riva Palacio, Francisco Vélez y Francisco Naranjo con la bien equipada y armada caballería del CE del Norte.
Ejecución del emperador Maximiliano
Desde el convento de La Cruz, el emperador fue trasladado, junto con sus oficiales, al de Santa Teresita, donde se alojaron en habitaciones muy incómodas. Durante dos o tres días durmieron a la intemperie.
El día 18 de mayo, Escobedo recibió parte del jefe que custodiaba los prisioneros en el convento de la Cruz, que el archiduque deseaba hablar él. Estando impedido de salir fuera de la tienda por la enfermedad que sufría, mandó su coche para que fuera en él Maximiliano, y bajo la custodia de los coroneles Juan C. Doria y Ricardo Villanueva. En la entrevista expresó el deseo que tenía de ir a San Luis Potosí, si se le permitía, y hablar allí con el presidente Juárez, a quien tenía secretos que revelar y que importaban mucho al porvenir del país. Le contestó que no tenía autorización para conceder ese permiso, pero que telegrafiaría al Gobierno pidiéndole instrucciones sobre el particular.
El 22 de mayo, recibió la contestación del Gobierno con las órdenes para que fueran juzgados por la ley del 25 de enero de 1862, la cual castigaba con la pena de muerte a los que atentaran contra la independencia y seguridad de la nación, los generales Miguel Miramón, Tomás Mejía y el archiduque Maximiliano de Habsburgo.
Del convento de la Cruz se trasladó a los prisioneros al convento de las Teresitas por ser el local más amplio. Después ordenó pasar al convento de los Capuchinos a los tres prisioneros que debían ser juzgados, por estar el local inmediato al alojamiento del general Escobedo y además por tener las condiciones de seguridad y las comodidades requeridas.
El día 28 de mayo, les hizo una visita particular para saber qué necesidades tenían que pudieran ser satisfechas, y se impuso la obligación de verlos en su prisión dos veces por semana.
El fiscal militar, Tcol Manuel Aspíroz, lo acusó de usurpar el poder público, de ser cómplice de la intervención extranjera francesa y de firmar el decreto del 3 de octubre de 1865 (que ordenaba fusilar a los guerrilleros republicanos apresados).
A pesar de que Maximiliano no asistió personalmente al juicio, contó con un destacado equipo de abogados defensores mexicanos integrado por Mariano Riva Palacio, Rafael Martínez de la Torre y Eulalio Ortega.
El juicio se celebró en el Gran Teatro Iturbide (actual Teatro de la República) de Querétaro el 13 de junio de 1867. Compareció ante un consejo de guerra especial, conformado por 7 oficiales y presidido por Rafael Platón Sánchez, militar que había participado en la batalla de Puebla. Maximiliano, que estaba afectado de disentería, consiguió no comparecer ante tal tribunal, pero lo representaban dos abogados mexicanos: Mariano Riva Palacio y Rafael Martínez de la Torre.
La acusación contenía 13 puntos; al día siguiente, después de que el fiscal Manuel Azpíroz la leyera y expusiera que los hechos eran “obvios”, recibió tres votos a favor de la pena de muerte y tres a favor del destierro; el séptimo voto de Azpíroz concluyó la condena a muerte.
En un intento por proteger a su hermano, Francisco José I lo reintegró por completo en sus derechos como archiduque de la Casa de Habsburgo. Otros monarcas europeos (la reina Victoria, el rey Leopoldo II e Isabel II de España) enviaron cartas y telegramas donde rogaban a Juárez por la vida de Maximiliano; otros personajes destacados de la época como Charles Dickens, Víctor Hugo o Giuseppe Garibaldi también lo hicieron. Cuando se concluyó el veredicto y los alegatos finales de los abogados defensores, se encontraba presente Juárez; el barón Anton von Magnus y un grupo de mujeres oriundas de San Luis Potosí (estado imperialista) le rogaron que le perdonara la vida; inflexible, Juárez les respondió: «La ley y la sentencia son en este momento inexorables, porque así lo requiere la seguridad pública».
La princesa Inés de Salm-Salm (esposa del príncipe Félix), que se encontraba en Querétaro, intentó sobornar a una parte de la guarnición que resguardaba la ciudad con el objeto de facilitar la fuga de Maximiliano y los otros dos prisioneros, pero la intentona fue descubierta por Mariano Escobedo.
Las condiciones de los últimos días del cautiverio de Maximiliano fueron extremadamente severas: habitaba en una celda del convento que medía 2,7 metros de largo por 1,8 de ancho; incluso con disentería no se le permitió la visita del médico; los guardias que vigilaban la celda discutían en voz alta sobre de qué forma podría ser ejecutado y hacían bromas sobre Carlota. Más tarde, y al margen de lo oficial, Maximiliano consiguió recibir visitas de su médico privado y de Félix de Salm-Salm.
En un último intento, Maximiliano le escribió a Juárez para pedir el perdón de las vidas de Miramón y Mejía, pero también resultó en vano.
La ejecución fue programada para el miércoles 19 de junio de 1867 a las tres de la tarde. De madrugada, Maximiliano se vistió con un traje negro y el Toisón de Oro con ayuda de su criado y cocinero Tüdös. Maximiliano recibió al padre Manuel Soria y Breña, con quien se confesó por última vez; poco después Maximiliano se sintió bastante mal, por lo que le dieron viales de sal, pero aun así Soria ofició una misa tanto para Maximiliano como para los generales Miramón y Mejía. Al terminar la misa les dieron su última comida: pan con pollo y vino; ni siquiera tocaron el pollo; no obstante, bebieron un poco de vino. Ya a las 06:30 de la mañana entró al corredor del Convento el coronel Miguel Palacios, el encargado del pelotón de fusilamiento, junto al resto de los hombres del pelotón;cuando ambos se encontraron Maximiliano exclamó: «Estoy listo».

Tres carruajes de alquiler aguardaban a los condenados, quienes subieron junto a Soria. Recorrieron las calles de las Capuchinas y la Laguna rumbo al cerro de las Campanas, lugar de la ejecución, con la vigilancia del primer batallón de Nuevo León. Durante el camino, Maximiliano se puso dubitativo y se preguntó si Carlota aún seguía viva; también observó el cielo despejado exclamando: «Es un buen día para morir».
Cuando llegaron al lugar, Tüdös le exclamó: «Siempre te has negado a creer que esto sucedería. Ves que estabas equivocado. Pero morir no es tan difícil como crees»; a Tüdös, Maximiliano le lanzó su paño mientras decía en húngaro: «Llévale esto a mi madre y dile que mi último pensamiento fue para ella». Le entregó a Soria su reloj que contenía un retrato de Carlota y le dijo: «Mande este recuerdo a Europa a mi muy querida mujer, si ella vive, y dígale que mis ojos se cierran con su imagen que llevaré al más allá».
Los tres condenados fueron puestos en una fila detrás de un tosco muro de adobe, que había sido mandado a construir el día anterior por el batallón de Coahuila, y Maximiliano le insistió a Miramón que él debía ocupar el lugar en el centro, diciéndole: «General, un valiente debe de ser admirado hasta por los monarcas». El pelotón estaba integrado por 5 soldados, dirigido por el capitán Simón Montemayor, de 22 años; Maximiliano le entregó a cada uno de los soldados una moneda de oro, pidiéndoles que apuntaran bien y no disparasen a su cabeza. Antes del momento exacto de ser fusilado Maximiliano con voz clara exclamó:
«Voy a morir por una causa justa, la de la independencia y libertad de México. ¡Que mi sangre selle las desgracias de mi nueva patria! ¡Viva México! ¡Viva la independencia!»
Mientras Miramón pronunció unas palabras en las que se negaba a ser considerado un traidor, Mejía no dijo nada, aunque miraba directamente a los militares.


Después de que pronunciaran sus últimas palabras, Montemayor ordenó abrir fuego contra los reos: Mejía y Miramón cayeron casi de inmediato, pero Maximiliano se tardó un poco más, por lo que Montemayor le indicó con su espada la ubicación del corazón al sargento Manuel de la Rosa, que, siguiendo su orden, disparó a quemarropa directo al corazón.
El barón Anton von Magnus le solicitó a Escobedo el cuerpo, petición que negó, pero que, sin embargo, permitió que Basch entrara al convento para despedirse de su cuerpo y ordenar que cuatro médicos realizaran el embalsamiento.

Pronto la noticia de la muerte de Maximiliano llegó al gobierno estadounidense, y de allí fue referida a Europa, telegramas que llegaron el 1 de julio de 1867. Francisco José I pidió el cuerpo de Maximiliano a las autoridades mexicanas para poder enterrarlo en Austria; asimismo, Von Magnus y Basch le solicitaron directamente a Juárez que les fuera entregado el cuerpo, a lo que él se negó, por lo que dejó el ataúd en abandono en la residencia del prefecto de Querétaro. La situación no cambió sino hasta la llegada de un vicealmirante enviado por Francisco José, Wilhelm von Tegetthoff (héroe de la batalla de Lissa), y pronto pudo animar a Juárez a reconsiderar su decisión. Finalmente, el secretario de Relaciones Exteriores de Juárez, Sebastián Lerdo de Tejada, aceptó oficialmente la solicitud de Austria el 4 de noviembre de 1867.
Su estancia en la capital del país no duró más de dos semanas y, después de terminar unos papeleos, se ordenó su repatriación a Europa. Llegó al puerto de Veracruz el 26 de noviembre de 1867, misma fecha en la que partió del SMS Novara, el mismo barco en el que Maximiliano y Carlota habían llegado a México.
Tardó casi tres meses en que llegara el Novara a las costas europeas. El 16 de enero de 1868 atracó en Trieste: los dos hermanos menores de Maximiliano, los archiduques Carlos Luis y Luis Víctor, recibieron personalmente los restos de su hermano, que escoltaron hasta Viena.
Los restos mortales de Maximiliano de Habsburgo fueron depositados el 18 de enero de 1868 en la cripta real austriaca, la cripta de los Capuchinos en Viena. Actualmente, sus restos descansan allí.
Sitio de la Ciudad de México (12 de abril al 21 de junio)
Posterior a las rendiciones de Maximiliano de Habsburgo, Miguel Miramón y Tomás Mejía, la guarnición imperial que se encontraba en la ciudad de México fue sitiada por las tropas del general Porfirio Díaz, quien desde mediados de mayo había trasladado su cuartel general a Tacubaya.
Se incorporaron para reforzar el sitio la división del general Vicente Riva Palacio y una brigada de Puebla que estaba unida al CE de Oriente en el sitio de Querétaro, así como el CE de Occidente al mando del general Ramón Corona y dos divisiones del CE del Norte mandadas por el general Francisco Alatorre. Formando un total de 35.000 hombres y 9.000 caballos.
Las fuerzas sitiadoras fueron colocadas de la siguiente forma: el general Corona con la DI de Occidente en la Villa de Guadalupe, el general Riva Palacio con la DI del Sur en Mexicaltzingo, el general Hinojosa con la DI del Norte en Peñón Viejo, el general Francisco Naranjo con la caballería en la Hacienda de los Morales, el general Félix Díaz con la caballería en la hacienda de Portales. La reserva se formó al mando del general Luis Mier y Terán, con la BRI-I organizada en Oaxaca por el general Manuel González, el batallón Fieles de Oaxaca, el escuadrón Juárez y la escolta del cuartel general.
Los imperialistas intentaron hacer algunas salidas durante el sitio. La principal fue la que encabezó Márquez, por La Piedad, en los últimos días, y probablemente con objeto de abandonar la plaza y salvar la fuerza que le quedaba, que era todavía de cosa de 12.000 hombres. En todos sus conatos de salida, fue rechazado el enemigo con grandes pérdidas y consiguiente desmoralización.
Escapado de Querétaro, Ramírez Arellano llegó a la Ciudad de México, después de mil vicisitudes, el 14 de junio. Él mismo cuenta que tuvo luego una larga entrevista con Márquez, en que le refirió los pormenores de lo que había pasado en Querétaro, quedando arreglado que al día siguiente se presentaría a los ministros, y en la conferencia que tuviese con ellos, ocultaría toda la verdad, refiriendo en cambio la próxima llegada del archiduque al frente de su ejército triunfante.
El barón de Lago llegó a Tacubaya e inmediatamente dirigió una comunicación a los oficiales de estado mayor austríacos, para noticiarles la toma de Querétaro y la cautividad de Maximiliano, arreglando a la vez con el general Porfirio Díaz los puntos de la capitulación de las tropas austríacas y de sus jefes.
El general Leonardo Márquez comprendió que no le era posible continuar la resistencia, y el 19 se separó del gobierno entregando el mando al general Ramón Tabera, después de lo cual se ocultó, lo mismo que Vidaurri, Lacunza, O’Horán y Ramírez Arellano. Inmediatamente, el nuevo jefe solicitó celebrar una capitulación; el general Porfirio Díaz se rehusó desde luego, pero cediendo a las instancias de los imperialistas, comunicó al gobierno las condiciones propuestas y, entretanto, se celebró un armisticio de 24 horas. El mismo día recibió el barón de Lago la contestación de los jefes austríacos, diciéndole que aceptaban sin reserva las proposiciones que les había enviado y que se presentarían en Tacubaya, habiendo obtenido previamente el permiso de Tabera, así como la orden para que fuesen relevadas las avanzadas austríacas. Sin embargo, la presentación no pudo verificarse, pues, concluido el plazo del armisticio y recibida de San Luis la contestación del gobierno para que no se admitiesen de los imperialistas más condiciones que la de rendirse a discreción, el general Díaz abrió de nuevo los fuegos, y los austríacos se retiraron al palacio, donde enarbolaron bandera blanca en señal de que no tomaban parte en la lucha.
Tabera mandó entonces, para arreglar la entrega de la plaza, a Miguel Piña, Carlos Palafox y Manuel Díaz de la Vega, quienes en la noche del 20 de junio firmaron con el general Ignacio Alatorre, nombrado al efecto por el general Díaz, el convenio respectivo.
El 21 de junio a las 06:00 de la mañana avanzaron las tropas republicanas y ocuparon la ciudad de México. Se presentaron los generales Miguel Piña, Manuel Díaz de la Vega y Carlos Palafox a entregar la plaza incondicionalmente. La oficialidad de la rendición fue encargada al general Alatorre, la que fue ratificada por Díaz y el general Ramón Tavera.
Se dictaron enseguida por el general en jefe varias disposiciones encaminadas a guardar el orden y a proporcionar a la población los efectos de primera necesidad, casi agotados durante el sitio. Se expidió, además, un decreto por el que se prevenía que todos los que hubiesen desempeñado cualquier empleo o comisión en tiempo del imperio se presentasen a la autoridad en el término de 24 horas, amenazando con la pena de muerte a los que no lo hiciesen, por considerarlos como aprehendidos con las armas en la mano.
Los que habían figurado como notables, consejeros, jefes de oficina y comisarios, y los que en el ejército habían tenido los empleos de comandantes o generales, permanecerían presos en espera de lo que dispusiera el gobierno. Los que hubiesen tenido los empleos de capitán o subteniente quedaban en libertad, y se les extendería un salvoconducto para que se retirasen al lugar que eligieran, a no ser que por alguna circunstancia especial merecieran ser juzgados. Algunos días después fueron detenidos en el convento de Santa Brígida los generales imperialistas; en el de Regina, los jefes; y en el de la Enseñanza los notables, consejeros, jefes de oficina y comisarios imperiales.
Solo hubo un acto de rigor en aquellos días: Santiago Vidaurri, sobre quien pesaban gravísimas responsabilidades, y que se había ocultado en vez de presentarse, como estaba mandado, fue aprehendido en la mañana del 8 de julio, y en la tarde sufrió la pena de muerte conforme a la ley.
Juárez salió de San Luis Potosí, hizo escala en Querétaro y Tepeji del Río, y pasó unos días pernoctando en el Castillo de Chapultepec antes de su arribo definitivo.
Viajó en su característico carruaje (actualmente en el Museo Nacional de Historia) junto a sus ministros Sebastián Lerdo de Tejada, José María Iglesias e Ignacio Mejía, además de custodiar el Archivo de la Nación.
Entró a la ciudad por la garita de Belén y Bucareli, deteniéndose un momento cerca de la Alameda Central antes de avanzar hacia el Zócalo (Plaza Mayor).
Porfirio Díaz, quien había tomado la ciudad desde el 21 de junio, no izó la bandera en Palacio Nacional; esperó que fuera el presidente Juárez quien lo hiciera.

Ocupación de Veracruz (27 de junio de 1867)
Tras el fusilamiento de Maximiliano de Habsburgo en Querétaro el 19 de junio de 1867 y la subsecuente toma de la Ciudad de México por el general Porfirio Díaz el 21 de junio, el puerto de Veracruz permanecía como el último punto en territorio mexicano controlado por fuerzas aliadas al imperio.
Al quedar completamente aislada y sin posibilidades de recibir refuerzos, la guarnición imperialista y las autoridades locales negociaron una rendición pacífica. El general Alejandro García asumió el mando militar y civil del puerto.
Este acontecimiento histórico marcó el fin de la resistencia del Segundo Imperio Mexicano en la costa del Golfo y consolidó la victoria definitiva de la República encabezada por el presidente Benito Juárez.
La recuperación de Veracruz permitió restablecer por completo las aduanas marítimas e iniciar el periodo conocido como la República Restaurada. Tan solo unas semanas después, el 14 de julio de 1867, la familia de Benito Juárez desembarcó en este mismo puerto para reunirse con el mandatario en la capital.
Desmovilización del ejército mexicano en 1867
Después de prácticamente cinco años de ocupación extranjera, el ejército había elevado su número de efectivos notablemente para hacer frente a la guerra. Dicho ejército se nutrió, además, de partidas irregulares que se formaron de manera improvisada al calor del conflicto y conforme fuesen siendo útiles. Muchos de estos grupos irregulares, aunque por lo general bajo las órdenes de un mando regional nombrado por el gobierno de Juárez, actuaban de manera independiente sin seguir un plan de batalla (o de acoso, ante la imposibilidad de presentar una batalla regular debido a la superioridad numérica, de armamento e instrucción del ejército invasor) bien establecido.
Así pues, cuando por fin las tropas francesas abandonaron el país, el gobierno se encontró con un serio problema referente a las fuerzas y cuerpos armados de que se había echado mano para lograr la victoria militar. Ese problema era que, ante la recién conquistada paz, un ejército de amplias proporciones como el que entonces se tenía ya no era de ninguna utilidad y, peor aún, requería de enormes sumas de dinero.
La inversión de recursos económicos en un ejército que ya no tenía razón de ser era considerada un desperdicio y algo sumamente negativo para las finanzas públicas, pues dichos recursos serían mucho mejor aprovechados en otros ramos de la administración, como el de fomento, hacienda, educación, etc.
Es por ello que el gobierno de Juárez, recién llegado a la capital, para disminuir y poner en receso las fuerzas levantadas con motivo de la guerra que acababa de terminar, dictó la circular de 30 de julio de 1867. Esta circular fue enviada por el ministro de la Guerra, quien entonces era Ignacio Mejía Álvarez, a los gobernadores de los estados (por aquello de organizar la Guardia Nacional, que era una atribución de las entidades federativas), así como también a los jefes de las zonas militares, a cuyo cargo estaban las divisiones regulares del ejército.
Evidentemente, esta disposición acarreó numerosos problemas. El primero de ellos fue el relativo al peligro de que los combatientes, entonces sin un empleo, se agruparan bajo las órdenes de un oficial o jefe codicioso que estimara no haber sido recompensado por sus servicios en la pasada guerra, y convenciera a la tropa ociosa de rebelarse contra el gobierno, provocando así nuevos motines y alzamientos que produjeran más inestabilidad, justo en el momento en el que más se hacía necesaria la paz para la buena administración del país.
Un segundo problema estribaba, nuevamente, en la ociosidad de los excombatientes, pues sin un empleo fijo, sin medios para subsistir y negándose a volver a su anterior vida de campesinos o artesanos, podían comenzar a dedicarse, como en efecto sucedió, a la delincuencia, poniendo en jaque especialmente la seguridad de los caminos (los asaltos en el camino México-Puebla eran ya famosos). Esta situación afectaba el desarrollo económico del país, los estados y municipios, pues inhibía el comercio y la circulación de bienes y personas. Así pues, el bandidaje, que era ya un problema serio, se convirtió en una epidemia que debía ser controlada.
Un tercer problema radicó en la negativa de los excombatientes a desarmarse y retirarse pacíficamente a sus hogares, pues la guerra les había dado un estatus social ostensiblemente mejor al que tenían antes de comenzar sus actividades militares, un modo de vida y, además, habilidades específicas de la profesión de las armas, así como una reputación en la zona o región en la que operaban, por lo que fue difícil ponerlos “en asamblea”.
Por ello, y para no provocar más conflictos, el gobierno en diversos casos dotó a estos cuerpos armados con la tarea de vigilar los caminos de su área de influencia, pues conocían bien el territorio, y se habían vuelto jinetes y tiradores consumados, lo que fue considerado uno de los inicios de la policía rural en México, institución que durante el Porfiriato ejerció gran influencia y tuvo un papel importante en la conservación del orden en dicho régimen.
Juárez resolvió el problema haciéndolo progresivamente, al conservar varios cuerpos como policía rural y manteniendo un ejército relativamente numeroso, cuestión que le granjeó diversas críticas y acusaciones, como la de querer sostener su gobierno con “las bayonetas y no con las leyes”.
No obstante, la desmovilización del ejército mexicano en 1867 sí tuvo consecuencias negativas, como el aumento del bandidaje, un mayor gasto en el rubro de seguridad, así como un peligro constante de sufrir levantamientos por parte de los grupos que se negaban a ser desarmados.
Más tarde, Porfirio Díaz habría de resolver el problema de tajo, al reducir al ejército numéricamente y, con ello, evitar posibles asonadas, sin mencionar el ahorro de recursos económicos generado por esta decisión.